home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00489 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  38 lines
  1. *************************
  2. * Fibrillarin signature *
  3. *************************
  4.  
  5. Fibrillarin [1] is a  component of a nucleolar small nuclear ribonucleoprotein
  6. (SnRNP) particle thought  to  participate in  the first step of the processing
  7. of pre-rRNA.  In  mammals, fibrillarin  is associated with the U3, U8  and U13
  8. small nuclear RNAs [2].
  9.  
  10. Fibrillarin is  an  extremely well  conserved  protein of about 320 amino acid
  11. residues. Structurally it consists of three different domains:
  12.  
  13.  - An N-terminal domain of  about 80 amino acids which is very rich in glycine
  14.    and contains a number of dimethylated arginine residues (DMA).
  15.  - A central domain of about 90 residues  which  resembles that of RNA-binding
  16.    proteins and contains an octameric  sequence similar to the RNP-2 consensus
  17.    found in such proteins.
  18.  - A C-terminal alpha-helical domain.
  19.  
  20. A protein   evolutionary   related   to  fibrillarin has  been  found  [3]  in
  21. archaebacteria such  as  Methanococcus vannielii or voltae. This protein (gene
  22. rrpA) is involved in pre-rRNA processing. It lacks the Gly/Arg-rich N-terminal
  23. domain.
  24.  
  25. As a signature pattern, we selected the RNP-2 like octapeptide sequence.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [GST]-[LIVMP]-V-Y-A-V-E-F
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  31.  
  32. [ 1] Aris J.P., Blobel G.
  33.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:931-935(1991).
  34. [ 2] Bandziulis R.J., Swanson M.S., Dreyfuss G.
  35.      Genes Dev. 3:431-437(1989).
  36. [ 3] Agha Amiri K.
  37.      EMBL/GenBank: X73987.
  38.